법인세 - 고용증대세액공제(청년고용) 관련 사후관리(이월세액공제)

 조세특례제한법 제 29조의 7 조항을 보면 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 내용이 나와 있다.
간략하게 설명하면 회사가 전기 대비하여 당기에 고용을 증대한 경우 그 증가분에 해당되는 금액을 법인세에서 공제해주겠다는 것이다. 다만, 공제를 받으면 끝이 아니고, 최초로 공제를 받은 과세연도 종료일로부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 최초 연도에 비해 전체 상시근로자수가 감소한 경우에는 공제받은 금액에 상당하는 금액을 법인세로 납부해야 한다. 즉, 공제받은 연도부터 2년간 사후관리 대상이 된다.(현재는 종료되었으나 동법 제 29조의 5 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제도 동일하다)

 특별한 일이 없다면 법인세 신고시 해당 세액공제금액을 계산하여 공제를 받고 2년간 근로자수를 비교하여 감소하는지 여부를 확인하면 된다.

그러나 해당 세액이 이월되는 경우, 법 조문에 있는 '최초로 공제를 받은 과세연도 종료일' 이라는 내용 때문에 이슈가 발생할 수 있다.

 예를 들어, 2017년 고용증대세액이 500만원 발생을 했는데, 해당연도 결손이 발생하여 세액공제를 적용하지 못하고 이월되었다. 이후 줄곧 결손이라 해당 이월세액공제도 계속 이월되다가 2020년 처음 이익이 나서 고용증대세액에 대한 이월된  세액을 공제받았다. 2021년 법인세 신고시 전기에 공제받은 고용증대세액에 대해 사후관리요건을 적용하여 상시근로자수가 감소한 경우 공제받은 세액을 다시 납부해야 할까? 이 때 21년도 상시근로자수와 비교를 하는 연도는 2017년의 근로자수일까 2020년의 근로자수일까?

 법 조문을 보면 '최초로 공제를 받은 과세연도'에 비하여 감소한 경우 공제받은 법인세를 납부하도록 되어 있다. 조문만 놓고 보면 위의 예시에서 계속 이월되어 적용을 못하다가 2020년에 최초로 공제를 받았기 때문에 2020년의 상시근로자수와 2021년의 상시근로자수를 비교하여 사후관리요건을 검토해야 할 것이다. 
그러나 상식적으로 생각했을 때, 17년 고용증대하여 세액공제가 발행했는데, 20년에 공제를 받았다고 해서 20년 근로자수와 비교를 하는 것이 맞을까 라는 생각이 든다.

 그래서 결과적으로 말하면, 이 때 '최초로 공제를 받은 과세연도'라는 것은 실제 공제를 받은 연도를 의미하는 것보다는 '최초로 공제 요건이 발생한 과세연도'로 보는 것이 맞으며, 위의 예시에서는 17년에 세액공제가 발생했으면 해당 연도에 결손으로 실제 공제를 못받았더라도 18년과 19년에 각각 17년의 근로자수와 비교하여 감소하였는지를 검토하고 만약 감소한 경우 해당 금액만큼 이월세액공제에서 차감시켜줘야 한다.